Omdat architectonisch ontwerpen uit een complexe reeks handelingen van technische, formele en programmatische aard bestaat, is in de vorm van ateliers gekozen voor een sterk samenhangend aanbod van het ontwerponderwijs.
De ateliers vormen een geheel van verschillende didactische werkvormen en maken tweederde van het curriculair onderwijs uit, zijnde 66% van de studiebelasting. Alle ateliers duren vijftien weken. Doel van de ateliers is het ontwikkelen van ontwerpvaardigheid. Ter wille van een optimaal studieverloop zijn de atelieractiviteiten niet alleen gericht op doen, maar ook op denken: het ontwerpen wordt afgewisseld met theoretische studie.

De hoofdopgave is steeds het maken van een ontwerp, te beginnen met een studie- en schetsfase, een voorlopig ontwerp met tussentijdse presentatie en een definitief ontwerp met eindpresentatie.

De belangrijkste kenmerken van een atelier zijn:

• de hoofdopgave die het gehele semester duurt;
• kennismaking met een specifieke architectuurbenadering of ontwerpmethodiek, die vooral door de betreffende atelierleider wordt geprofileerd;
• een deel van het ontwerpen wordt op de Academie gedaan onder begeleiding van de docenten;
• de bundeling en integratie van verschillende disciplinaire 'instrumenten', zowel praktische als theoretische. Door middel van kortere activiteiten, zoals oefeningen, workshops, excursies, werkcolleges en plananalyses, worden deze instrumenten op de hoofdopgave betrokken.
  

Per semester worden in het 2e/3e jaar (periode 2) 2 of 3 ateliers aangeboden. Deze hebben een overkoepelend onderwerp, maar kennen een eigen thema: context, concept of object. Gedurende de opleiding moet iedere student van alle thema's een keer een atelier gevolgd hebben. Het vierde atelier mag de student vrij kiezen, tenzij de opleiding hem/haar adviseert  een atelier met een bepaald thema nogmaals te volgen.

In elk atelier is de atelierleider verantwoordelijk voor de algehele coördinatie van de diverse activiteiten. Hij of zij krijgt binnen het thema zoveel mogelijk vrijheid om tijdens het atelier eigen accenten te leggen en de daarbij horende fasering, specifieke activiteiten en werkwijze te kiezen. Daardoor ontstaan tussen de ateliers vaak grote verschillen. Elk atelier wordt door een andere docent begeleid. Het aanbod van de ateliers moet onderling op elkaar zijn afgestemd. De staf, met name de coördinatoren voor het eerste jaar en het tweede/derde jaar, is hiervoor verantwoordelijk.

De ontwerpopgaven van de ateliers verschillen van jaar tot jaar. In die wisseling van opgaven actualiseert de Academie jaarlijks haar onderwijsprogramma. Daarbij gaat het er niet om trends te volgen, maar aansluiting te vinden bij de vragen en de discussies die in de beroepspraktijk centraal staan. Ontwerpen kunnen op die manier tevens een vorm van onderzoek zijn en dat staat de Academie ook voor ogen. Een ontwerp wordt spannend als het niet alleen een antwoord is op de gestelde vraag, maar er ook een interpretatie aan geeft en zelf vragen oproept. Soms krijgen atelierresultaten daardoor ook betekenis buiten de context van het onderwijs.
Voor sommige ateliers wordt de opgave vastgesteld in overleg met derden. Daarvoor wordt incidenteel een samenwerking aangegaan met bijvoorbeeld lokale en regionale overheden en culturele instanties. Met het aan de orde stellen van thema’s en opgaven die aan de realiteit zijn ontleend wordt een inhoudelijke verrijking van de ateliers beoogd. Deze krijgen daardoor, naast de onderwijskundige, ook een maatschappelijke en culturele relevantie.

Workshops
Zowel op reguliere tijden (bij de jaaropening in augustus en tijdens het januariprogramma, zie hieronder) als incidenteel kunnen kortlopende, intensieve workshops worden aangeboden. Het betreft aaneengesloten periodes van minimaal vijf dagdelen van begeleid werken op de Academie. Workshops zijn gericht op het vergroten van kennis en ervaring in het ontwerpen. De opgaven van de workshops kunnen sterk uiteenlopen. De workshop die aan het begin van het studiejaar wordt aangeboden sluit aan op het jaarthema.

Januariprogramma
Het Januariprogramma is een zelfstandig en belangrijk onderdeel van de opleiding. In het Januariprogramma wordt in verschillende werkvormen (lezingen, onderzoek en workshops) aan steeds wisselende actuele thema’s gewerkt. De werkgroepen zijn samengesteld uit studenten uit periode 1 en 2. Aangezien alle Academies van Bouwkunst in deze periode soortgelijke programma’s aanbieden leent de maand januari zich uitstekend om ook bij de andere instellingen onderwijs te volgen en de onderlinge verschillen en overeenkomsten te ervaren.