De verantwoordelijkheid voor het Energie Kenniscentrum ligt bij de stuurgroep, die bestaat uit de deans van vijf instituten die in het kenniscentrum samenwerken namelijk:
1. het Instituut voor Engineering,
2. het Instituut voor Life Science & Technology,
3. de Academie voor Architectuur, Bouwkunde & Civiele Techniek,
4. Instituut voor Informatie- en Communicatietechnologie en het
5. Instituut voor Facility Management.
De dean van het Instituut voor Life Sience & Technology is ‘leading dean’ voor het kenniscentrum en legt verantwoording af aan het College van Bestuur.
Het Energie Kenniscentrum is een programma-organisatie. Voor de onderzoeksprojecten, wordt in samenwerking met de teamleiders van de schools, gezocht naar geschikte onderzoekers. De onderzoekers binnen het Energie Kenniscentrum voeren naast hun onderzoekstaken ook onderwijstaken uit.
De lectoren geven wetenschappelijk en de programmamanager geeft procesmatig leiderschap aan de onderzoeksprojecten.
Het Energie Kenniscentrum bevat drie lectoraten, die elk bestaan uit een lector en een gezamenlijke kenniskring. Elk “kenniskringlid” is actief betrokken bij concrete onderzoeksprojecten en organiseert de kenniscirculatie op het kennisdomein van de lectoraten. De kenniskring is multidisciplinair samengesteld, met zoveel mogelijk docenten uit de verschillende instituten. Eén van de lectoren is ´leading lector´ en heeft een grotere aanstelling dan de anderen. Er is hierbij geen sprake van een hiërarchische verhouding, maar eerder van een ‘first among equals’.