Bioinformatics for the Life Sciences

Deze minor op het gebied van bio-informatica is bedoeld voor derdejaars Life Science studenten van onder meer de opleidingen Biologie en Medisch Laboratoriumonderzoek Research en Medische Diagnostiek. Het is een verbredende minor, die zich richt op het verwerven en ontwikkelen van digitale vaardigheden, die relevant zijn in het toekomstige werkveld om data en problemen in de moderne biomedische wetenschappen aan te kunnen.

{{'ShareCounter_Share_Label' | i18n}}:
{{'ShareCounter_Share_Label' | i18n}}:

Tweede semester
De minor wordt alleen aangeboden in het tweede semester van ieder studiejaar. De inschrijving start in oktober en de lessen starten in februari.

Engelstalig

Het onderwijs zal in principe in het Engels worden aangeboden, tenzij er geen enkele buitenlandse student aanwezig is. Al het onderwijsmateriaal is in het Engels.

Kies op Maat
Studenten van andere Hogescholen kunnen zich aanmelden via Kies op Maat. Deze minor is daar te vinden onder de naam Data Science for the Life Sciences.


Korte beschrijving

Studenten, die deze minor volgen, zullen kennismaken met de digitale toolbox van de bio-informatica tot een niveau, dat het mogelijk maakt, om zich tijdens hun stage of eerste werkplek zelfstandig te kunnen redden met bio-informatica vraagstukken, of zich verder te ontwikkelen in deze richting. Deze toolbox bevat onder meer genoomsequencing en de toepassingen ervan, data-processing –analyse en –visualisatie, database technologie en een basis in programmeren.


Leerdoelen

De minor beoogt derdejaars studenten van biomedische opleidingen (Biologie en Medische Laboratoriumtechnieken en Medische Diagnostiek) een gedegen introductie te geven in verschillende aspecten van de bio-informatica (programmeren, analyseren, applicaties, en databases). Studenten moeten na het volgen van deze minor op een stage/afstudeerplaats of in een eerste baan (1) in staat zijn de opgedane kennis en vaardigheden toe te passen op voor het werkveld relevante uitdagingen, en (2) weten hoe ze hiaten in kennis en vaardigheden effectief kunnen aanvullen. 

  • De student kent de belangrijkste analyse tools op het gebied van de bio-informatica (met name Next Generation Sequencing experminenten) en kan zowel hun relevante toepassingen als hun beperkingen benoemen.
  • De student kent de verschillende online databanken van bio-informatica datasets, kent de bestandsformaten, waarin die data aangeboden worden en kan hierin de nodige informatie vinden om een biologische vraag te beantwoorden.
  • De student kan met behulp van DNA sequentie data genoomdiagnostiek en andere genetische analyses uitvoeren, onder meer om erfelijke aandoeningen te doorgronden of genexpressie te analyseren.
  • De student kan grote datasets, afkomstig uit het laboratorium, verwerken, filteren, transformeren en visualiseren, gebruikmakend van zelf geschreven scripts in de talen R of SQL.
  • De student kan zelfstandig een biologische of medische vraag in een bioinformatica workflow vertalen; deze selecteren of ontwerpen, implementeren en uitvoeren.
  • De student kan over uitgevoerde bio-informatica werkzaamheden en analyses rapporteren naar andere biomedisch analisten en de resultaten effectief documenteren en (statistisch) verantwoorden.

Module 11: Genomics

Diagnostic genome analysis
Mapping van patientenmateriaal tegen (een gedeelte van) het humane genoom en vervolgens de analyse van de gevonden varianten. Van de gevonden resultaten zal een database worden ingericht.
Data Analysis and Visualisation Using R 1
Data verwerking, analyse en visualisatie met de statische taal R
Theory of Bioinformatics 1
Next Generation Sequencing (NGS) technologieen; NGS platforms & toepassingen, mapping & assembly. Tools voor analyse DNA-varianten (SNP's)
SLB of Dutch Language and Culture*
Linux


* Nederlandse studenten volgen SLB, buitenlandse studenten volgen een cursus Dutch Language and Culture.


Module 12: Data to Biology

Data analysis and visualization using R 2
Data verwerking, analyse en visualisatie met de statische taal R
Theory of Bioinformatics (2)
Online databronnen (databases) en analyse tools (m.n. ook BLAST)
Capstone project: Analysis of gene expressionIn het capstone project zal al het geleerde toegepast moeten worden om een grote eindopdracht succesvol te kunnen uitvoeren. Hierin zal waarschijnlijk het analyseren van genexpressie d.m.v. RNA-seq data centraal staan.

 


Inhoud vakken

Bekijk hier de uitgebreide vakomschrijvingen van de minor Bioinformatics for the Life Sciences
Bekijk hier het leaflet van de minor Bioinformatics for the Life Sciences


Literatuur

Bioinformatics and Functional Genomics , Pevsner, Jonathan, | John Wiley & Sons Ltd | Druk/edition: 3 | 978-1118581780: Let op! Alleen de 3e druk mag gebruikt worden. 


Meer informatie:

Neem voor meer informatie over deze minor contact op met Marcel Kempenaar, m.kempenaar@pl.hanze.nl


Externe inschrijving via Kies Op Maat

Inschrijving extern kan via www.kiesopmaat.nl vanaf oktober 2019. Op Kies op Maat heet de minor Data Science for the Life Sciences. 

{{'Opbouw_Title' | i18n}}

  • {{item.Title}}
    • {{child.Title}}

  • {{item.Title}}
    • {{child.Title}}

{{'Kernvakken_Title' | i18n}}

  • {{vak.Titel}}

{{'StudieInCijfers_Title' | i18n}}

{{'ShareCounter_Share_Label' | i18n}}:

{{'Contact_Title' | i18n}}

{{'Contact_LabelName' | i18n}} {{vm.name}}
{{'Contact_LabelAddress' | i18n}} {{addressLine}}
{{'Contact_LabelOffice' | i18n}} {{vm.office}}
{{'Contact_LabelAssistant' | i18n}} {{vm.assistantName}} {{vm.assistantName}}
{{'Contact_LabelPhone' | i18n}} {{vm.phone}}
{{'Contact_LabelEmailAddress' | i18n}} {{vm.emailDisplay}}
{{'Contact_LabelWebsite' | i18n}} {{vm.website}}

{{'ThemesWidget_Title' | i18n}}

{{"FocusAreas_Title" | i18n}}

{{'ResearchProject_InfoWidgetTitle' | i18n}}

{{'ThemesWidget_Title' | i18n}}

{{"FocusAreas_Title" | i18n}}

{{'EducationProfile_Title' | i18n}}

{{'EducationProfile_VWO' | i18n}}

{{'EducationProfile_HAVO' | i18n}}

{{'EducationProfile_MBO' | i18n}}

{{'Opleidingen_Title' | i18n}}

{{'Location_Title' | i18n}}

{{'Locations_Title' | i18n}}

{{vm.model[0].Title}}

{{vm.model[0].Street}}
{{vm.model[0].ZipCode}}  {{vm.model[0].City}}

{{'ContactInformation_Title' | i18n}}