‘Ik maakte een dashboard voor het makkelijker analyseren van verschillende weefsels’

Als je wilt weten of iemand bijvoorbeeld een tumor of gezwel heeft, moet je het weefsel van die patiënt analyseren. Dit gebeurt op de afdeling pathologie van een ziekenhuis. De analisten en onderzoekers van deze afdeling moeten met behulp van allerlei technieken achterhalen welke stukken weefsel gezond zijn, en welke niet. Tijdens zijn afstudeerproject bij de afdeling Pathologie van het Universitair Medisch Centrum Groningen werkte vierdejaars student Bio-informatica Mats Slik aan een computerprogramma dat dit proces makkelijker kan maken.

Voor zijn onderzoek keek Mats naar de data van een speciale machine. 'Deze machine kan op microscoopbeelden verschillende gebieden in weefsels meten en met kleurtjes zichtbaar maken, zodat de onderzoeker snel kan zien waar verschillen zitten', legt hij uit. 'En hij kan ook nog het RNA van die gebieden meten, en dat geeft ook informatie over het soort weefsel.'

Niet overzichtelijk

De resultaten van de machine zijn alleen niet echt overzichtelijk. 'Je krijgt een grote tabel met allerlei informatie, soms wel 18000 meetwaardes van genen', zegt Mats. 'Dus ze hebben mij gevraagd om een computerprogramma te bouwen die deze data omzet in een overzichtelijk dashboard.'

Hiervoor ging Mats aan de slag met het schrijven van code. 'Het was best veel werk om al die data goed weer te geven, maar het is gelukt!' In zijn dashboard kunnen analisten en onderzoekers makkelijk zien hoe deze weefselgebieden van elkaar verschillen, en ook hoe betrouwbaar de data is. 'De data heeft ook een kwaliteitscontrole nodig, dus het is belangrijk dat je weet hoe betrouwbaar de metingen zijn.'

In gebruik

Het dashboard wordt inmiddels volop gebruikt, en de afdeling was dan ook erg blij met het werk van Mats. 'Er zijn altijd verbeterpunten, maar het proces is zeker sneller gemaakt door mijn dashboard.' De afdeling gaat het systeem waarschijnlijk nog wel omzetten naar een andere computertaal. 'Ik heb het geschreven in R, maar dat werkt niet voor iedereen even makkelijk. Dus een van de onderzoekers wil het waarschijnlijk gaan omzetten naar Python.'

Mats wil zelf na zijn studie graag door in de machine learning richting. 'Ik vind het heel gaaf dat we computers kunnen gebruiken om veel patronen in data te vinden, en ik wil mensen daar graag bij helpen.'